En el departamento, todavía se conservan rastros de la presencia de los paleoindios, los primeros pobladores de El Salvador, en la Cueva del Espíritu Santo, un sitio arqueológico con pinturas rupestres en las cercanías del municipio de Corinto. En la época previa a la conquista española, Morazán estuvo habitado por indígenas lencas.

En la época colonial, el territorio estuvo subdivido en los partidos de Gotera y Osicala. Fue creado con el nombre de departamento de Gotera, el 14 de julio de 1875, por disposición del presidente Santiago González. Por decreto de la Asamblea Legislativa, recibió su nombre actual, el 14 de marzo de 1887, en homenaje al unionista centroamericano, general Francisco Morazán.

Durante la Guerra Civil de El Salvador, Morazán fue una de las zonas más disputadas del territorio nacional. El Ejército Revolucionario del Pueblo, una de las organizaciones integrantes del FMLN, concentró una numerosa tropa insurgente en varios campamentos de la zona norte del departamento. Cerca de Perquín, estuvo instalada la base de operaciones de Radio Venceremos. En 1981, una unidad de la Fuerza Armada de El Salvador perpetró cerca de Arambala, la Masacre de El Mozote, en la que murieron unos 1,000 campesinos.

Algunos personajes célebres nacidos en el departamento son el educador Joaquín Rodezno, y el ex presidente de la República Fidel Sánchez Hernández.

El departamento se encuentra en la parte nororiental de El Salvador. Su territorio se encuentra a una altitud de entre 500 y 1000 metros sobre el nivel del mar, tiene una topografía relativamente accidentada, Las elevaciones más importantes son el Cerro El Pericón, cerca de la frontera con Honduras y el Cerro Cacahuatique.

La precipitación media anual en Morazán, varía de entre 2300 a 2600 milímetros. Algunos ríos del departamento son el Torola, Tamarindo, Cañas, Yamabal y San Francisco, casi todos ellos pertenecen a la cuenca hidrográfica del Río Grande de San Miguel.